Balkanlar’ın kalbinde yer alan, kültür ve dinlerin kesişme noktasında bulunan, birçok defa dünya tarihinin akışını önemli biçimde etkileyen ve Bosna-Hersek tarihinde yer alan en önemli hâdise, içerideki halklar arasındaki çatışmalar ile dış güçlerin sürekli müdahalesidir. 

1877-1878 Osmanlı-Rus Savaşı sonrası toplanan Berlin Kongresi neticesinde Balkanlar’daki topraklarını kaybeden Osmanlı Devleti, halkının çoğunluğu Müslüman olan Bosna-Hersek’i kendi hükümranlığı altında, Avusturya-Macaristan Devleti’nin işgâline bırakmak zorunda kalmıştır. Bu olay, Osmanlı Devleti ve Bosna-Hersek için yeni çetin bir dönemin başlangıcı olmuştur

Bu çetin dönemi  işaret eden başlangıç işgal kuvvetlerinin Bosna’nın askerî  işgal günleridir. Mesela,  28 Ağustos 1878 tarihinde Bosna’nın işgâli sürerken General Filipoviç yazdığı mektupta Boşnakları şu sözlerle tanımlayarak Bosna’da nasıl bir yönetim kurulacağının ilk işaretlerini vermekteydi: “Müslüman halk eski düşüncenin aksine, barbar yığınlar halindeydi. Bu kalabalık insanları silahsızlandırmak ve kademe kademe bürokrasiye yakınlaştırmak gerekiyordu. Bu bürokrasi çok güçlü ve sert kanunlar altında olmalıdır.”

Ayrıca, Avusturya-Macaristan idaresi 1878 Şubatı’nda Osmanlı Devleti ile yaptığı yönetimin devri anlaşmasında; Bosna ve Hersek’te mevcut olan din ve mezheplerin özgürlüğünün sağlanması ve açık bir şekilde icra edilmesi, bu eyaletlerde yerleşmiş olan veya ikamet eden bütün şahıslar için temin olunacağını özellikle Müslümanlar ulemalarıyla olan münasebetlerinde tamamıyla serbest olacakları konusunda  anlaşmaya varılmıştı. Avusturya komutanlarıyla mülkî memurlar ırz, namus, ahlak, adetler, ayin serbestliği, Müslümanların canları ve mallarının emniyetine hiçbir suretle zarar gelmemesine olağanüstü dikkat ve özen göstereceklerdi. Müslümanların can, mal ve dinine saldıran kimse şiddetli bir şekilde cezalandırılacaktı. Hazret-i padişahın ismi hutbelerde zikr olunacaktı. Osmanlı Sancağı’nın minarelere çekilmesine devam edilecekti.

Bosna’yı işgâl başladıktan sonra General Filipoviç tarafından halkı rahatlatmak için yayınlanan beyannamede, bölgedeki çok dinli yapıya vurgunda bulunulmuştu ve Bosnalıların adet ve geleneklerinin korunacağı, farklı dil ve dinlere sahip grupların din ve inanç özgürlüğünün sağlanacağı ifade edilmişti. İşte bu Yeni Pazar Antlaşması’nın 2. maddesi de bölgedeki dinî grupların ve Müslümanların durumunu açıklayıcı içeriktedir. İşgal idaresi Bosna’nın çok dinli ve hassas yapısından haberdardı. İşgal gerçekleştikten sonra da uygulamaya koyduğu yeni idare siyasetini bu hassasiyet şekillendirmesi düşünülmüştü ancak Müslümanlar ya da  Boşnaklar için durum anlaşma maddelerindeki gibi uygulanmamıştı. İşgal idaresi Bosna topraklarında Katolikliğin yaygınlaşması ve yerleşmesi istikametinde bir tavır takınmıştı.

İşgal idaresi, Bosna'daki din işlerini de kendi arzusu istikametinde düzenlemek için ciddi çalışmalar yapmıştır. Bu çalışmalarda, Katolikliğin Bosna'da yerleşmesi ve yayılması için her türlü imkân sağlanmış ve kolaylık gösterilmiştir.

8 Haziran 1881 senesinde Papalıkla imzalanan antlaşmaya göre, Saraybosna'da bir başpiskopozluk makamı oluşturulmuş ve 35 ilçe buraya bağlanmıştır. Diğer on üç ilçe ise Fransizkocuların elinde bırakılmıştır. Bu antlaşmaya göre, imparator Bosna-Hersek'teki başpiskopozu ve piskopozları resen tayin edebiliyor ve rahiplerin maaşlarını ödüyordu. Bu sınıfın maaşı, ilk yıllarda 25 bin altın forint tutuyordu.^[1] Ülke idaresi 1883 yılında Bosna'daki din işleri için 162.503 altın forint harcamıştır. Ancak bunun yarısından çoğu Katoliklere verilmiştir. Katolik kilisesi bir yandan ülke kaynaklarını bol elden kullanırken ülke dışındaki Katolik kuruluşlarından da hatırı sayılır maaşlar temin ediyordu. Bu maaşlarla en başta Saraybosna Katedrali olmak üzere kiliseler, konutlar, okullar inşâ ediliyor ve işletiliyordu. Bunun yanı sıra ülke çapında 6 tane farklı dini gazete de yayınlanıyordu.^[2] İşgalden önce  Bosna'da 35 tane Katolik kilisesi varken, 20 sene içerisinde bu sayı 135'e yükselmiştir. Bosna’nın  en yükseksek yöneticisi olan Benjamin Kalay, gerek Ortodoksların gerek Müslümanların Katolikliğe döndürülmesi işinde çok dikkati ve yavaş olunması gerektiğini düşünüyor ve bunu etrafa yayıyordu. Ancak  Başpiskopoz  Ştadler aksi fikirde olduğundan Müslümanlardan dönme elde etme hususuna hız verilmiştir. Bu yüzden de reşit olmayan Müslüman kızlarının döndürülmesi hadiselerinde Bosna'da ciddi karışıklıklar çıkmıştır. Uzeyfe Deliahmedoviç ve Fata Omanoviç olayları ciddi sıkıntılara yol açmıştır.^[3] İşgalden 1900 yılına kadar yaklaşık olarak 50 Müslümanın Katolikliğe döndürülmüş olduğu düşünülmektedir.

Avusturya-Macaristan idaresi ile başlayan yeni dönemde Bosna’nın Müslüman halkı, Osmanlı çatısı altında, yüzyıllardır hâkim unsur olmuştur. Avusturya yönetimi ile birlikte, Müslümanların gerek ülke yönetimindeki idarî konumları, gerekse demografik, dinî ve kültür durumları değişime açık hâle getirilmişti. Boşnakların nezdinde, Avusturya-Macaristan sadece işgâlci bir kuvvet olmakla kalmayıp, aynı zamanda, sınırlarını, yüzyıllardır maddî ve manevî bağlarla bütünleştirmiş oldukları Osmanlı Devleti’nin aleyhine genişleten gayrimüslim bir devletti.

Avusturya yönetimi doğu sınırlarında büyüyen Sırbistan tehdidine karşı güçlü bir Bosna-Hersek tasarladığından, Hırvat unsuru desteklemişti. Böylece Avusturya İdaresi boyunca Hırvatlar yönetimde ağırlıklı olmuş, verimli ovalara yerleştirilmiş ve Katoliklik Bosna-Hersek’in resmi dini gibi gösterilmişti. Hatta 1899’da inşa edilen büyük Sarayevo Katedrali, bu siyasetin simgesiydi. Bu durum Sırp milliyetçilerinin tepkilerini körüklerken, Bosna üzerinde emelleri olan Sırp komitelerin ülkedeki faaliyetlerini tırmandırmıştı.

1882 ve 1903 döneminde ortak maliye bakanı olması sıfatıyla imparatorluğun Bosna siyasetinin yürütücüsü olan Macar Benyamin von Kalay, Boşnak kimliğinin oluşumunu da teşvik etmişti. Kalay’ın amacı Bosna-Hersek’te rekabet halinde olan Sırp ve Hırvat milliyetçiliklerinin karşısında bir Boşnak kimliğinin oluşumunu sağlamaktı. Nitekim Kalay idaresi döneminde Habsburg’un siyasetinin en çok tartışılan yönü millet sorununun ele alınış biçimiydi. Kalay Bosnalılık kavramı yaratmaya çalışmıştır.

Bosnalılık hareketinin, Osmanlı ile olan ilişkilerin en azından azaltılması ve uzun vadede yok edilmesi manasına geldiğini düşünen Avusturyalılar, bu hareketi siyasî ve iktisadî olarak desteklemişlerdir. Avusturya’nın Bosna işlerinden sorumlu bakanı Kalay bu fikre çok inanıyor ve bunu bütün varlığı ile destekliyordu. Öte yandan, Bosna’daki toprak sahibi soylular da Bosnalılık hareketi sayesinde siyasî hayatın dümenini ellerinde tutabileceklerine kanaat getirmiş ve bu harekete güçlü bir destek vermişlerdir. Bu sayede de Bosna’daki mülklerini korudukları gibi Avusturya idaresinden ek imtiyazlar elde edebilmişlerdir.

Müslümanların yeniden Hıristiyanlaştırılması düşüncesinin ve örneklerinin yayılması, Müslümanların bu yönetime bağlılığını zedelemiş ve Habsburg hâkimiyeti döneminde Müslümanların bu ülkeden kitleler halinde göç etmesine sebep olmuştur. Göç eden Boşnakların çoğunluğu Anadolu, bir kısmı ise Arnavutluk, Makedonya, Filistin, Tunus ve Cezayir yönüne gitmişlerdi. Müslümanların terk ettiği bölgelere Sırpların yerleşmesiyle Bosna’nın etnik yapısında değişim yaşanmıştı.

Özellikle iki dönemde Bosna’dan Müslümanların çeşitli bölgelere göçleri gerçekleşmişti. İlki 1881 yılında çıkarılan askerlik yasasıdır. Müslümanların Avusturya-Macaristan ordusuna alınmasına sebep olan bu yasa özellikle Doğu Hersek bölgesindeki Müslümanlar arasında ayaklanmaya sebep olmuştur.^[4] Ardından da Müslüman nüfus arasında göç konusu gündeme oturmuştur. Diğer konu ise Müslümanlar kızlar ve öğrenciler arasında yaşan din değiştirme olaylarının artmasıydı. Bu önemli mesele aynı zamanda 1899 yılında Müslümanları din-eğitim ve özerklik hareketi konusunda harekete geçiren ana olay olmuştur.

Avusturya-Macaristan’ın işgâlinden sonra, yabancı bir devletin Bosna-Hersek’te egemen olmasından ötürü, Müslüman halkın yaşayacağı sıkıntıların ilk habercisi, 1891’de, hukûmetin, halkın din değiştirebileceğini kabûl etiğine dair yayınladığı belge olmuştur.

Din değiştirme yasasının ardından, 1893’te Kalay, Benkoy’a gönderdiği bir mektupla Müslümanlara karşı uygulanması düşünülen siyaseti de açıkça ifade ediyor ve bu mektupla Müslümanlara saygı göstermelerini, onlara güvence verilmesini istiyor, ayrıca Müslümanların Sırplarla yakınlaşmasının önlenmesini istiyordu. Böylece, uzun gelecekte Müslümanların Katolikleşmesine zemin hazırlamaya çalışıyordu.

19. yüzyılın sonunda ve 20.yüzyılın başında, Avusturya, bâzı özgürlükler tanımıştır ama bu gidişatı Katolik kilisesi bozdu. Bosna-Hersek Arşiv belgelerine göre Katolikler, Bosna’daki Müslümanları zorla Hıristiyanlığa çevirmeye çalıştılar. Bu amaçla da Müslümanların toprakları satın alınıyor, mezarlıkları bahçe yapılıyordu.[5] Meselâ, işgâlden sonra, Avusturya askerleri Müslümanların evlerine yerleştirilince halk tedirgin olmuş ve Osmanlı topraklarına kaçmaya başlamıştır. Avusturyalılar da, Müslümanlardan boşalan yerlere, Katolik yerleştirme işine hız vermişlerdir.

Müslümanların özerklik mücadelesi yönündeki ilk adım, 5 Mayıs 1899’da Mostar meclisinin protestosuyla başlamıştır.  Bir habere göre, iki gün önce Katolik rahibeler, Osman Omanoviç’in daha 18 yaşına basmamış olan kızı Fata Omanoviç’i kaçırmıştı. Baba, kızının kaçırıldığını güvenlik güçlerine haber vermiş ve bu olay Mostarlılar’ı ayağa kaldırmıştı.

Müslümanların dinini değiştirerek ya da göç ettirerek onları eritme siyasetinin yanı sıra İstanbul ile dini bağların koparılmaya çalışılması da Müslümanların özerklik hareketinde önemli bir aşamayı oluşturmaktadır. Çünkü Avusturya-Macaristan hükümeti, Bosna-Hersek’te İslâmı resmi din olarak kabul etse de, Müslümanları Osmanlı Devleti’nden ve Osmanlı Halifeliği’nden koparmak gibi siyasi amaçlarla bir takım önlemler almaya girişti. “Avusturyalılar ne kadar dost görünmeye çalışsalar da yine de Müslümanlar onları düşman olarak görüyorlardı. Bu sebeple Müslümanların güvenini kazanmak ve onları İstanbul’dan koparmak için İslam dini hiyerarşisini kurmak istediler.” Bu tasarı üzerinde daha çok Filipoviç çalıştı. Amacı Bosna-Hersek’te, İstanbul’dakinden ayrı bir Şeyhülislamlık kurulmuştu.

Avusturya Macaristan’ın izlediği Müslüman ve Bosna siyaseti, bölgede yüzyıllardır bir arada yaşayan üç farklı halkın (Boşnak, Sırp, Hırvat), sosyal ve kültürel hayatını olumsuz olarak etkilemiştir. Avusturya’nın Bosna’yı “uygarlaştırma” siyaseti halkın her katmanında ciddî tepkiler doğurmuştur. Ne var ki bu siyasetin en acı tecrübelerini Boşnaklar yaşamıştır. Özerklik mücadelesi, Avusturya-Macaristan’ın Müslümanlara yönelik izlediği siyasetten, Müslümanların eğitim gördükleri okulları istedikleri gibi idare edemediklerinden ve Bosna-Hersek halkının okullarını düzenlemelerine ve ıslah etmelerine aslâ izin verilmediğinden ve bu okullarda verilen eğitimin de Hırvatlık fikrini aşılamakta olduğuna dair şikâyetlerini içeren dilekçe ve muhtıralar/memorandumlar ile başladı ve devam etti. 

Bosna-Hersek’in Avusturya-Macaristan tarafından işgâli, Bosna-Hersek Müslüman toplumda millî veya milliyetçi bir bilincin oluşmasında belirleyici bir rol oynamıştır.

Çünkü, Boşnaklarda millî kimlik inşasına yönelik çabalar, ağırlıklı olarak İslam üzerinden yürümüştür. Çünkü Boşnak toplumunu etnik, kültürel, tarihî, toplumsal, sınıfsal v.b. açılardan ayırt eden tek nokta Müslüman olmaları idi. Denilebilir ki Bosna’da 20. yüzyılın ilk çeyreğinde İslâmi bir modern kimlik oluşumda da en önemli etkenlerden biri Müslümanlık olmuştu.

 1878 yılında Boşnaklar, Avusturya-Macaristan işgâline karşı ülkelerini silahla savunmuş, fakat büyük fedakârlıklara ve kahramanlıklara rağmen savaşı kaybetmişlerdir. İşgâlden hemen sonra yaşanan her türlü baskı ve zülme karşı Boşnaklar ancak siyasî yollardan mücadele etmeye gayret etmişlerdir. Elde ettikleri her fırsatta, Avusturya-Macaristan siyasetine karşı düşünce ve taleplerini, İşgâl İdaresine (bunun resmî adı Bosna-Hersek Ülke İdaresi şeklindedir), Avusturya-Macaristan İmparatoruna, İmparatorluk Ortak Maliye Bakanına ve Osmanlı Devletine yazdıkları dilekçeler ve muhtıralar (memorandumlar) ile dile getirmişlerdir. Böylece, Boşnaklar, işgâl idaresinin yönetiminde bulunan Bosna’nın ve Boşnakların geleceğine ve hatta bölgenin geleceğine ilişkin tasarrufta bulunma gücü olduğunu düşündükleri tüm güçlere ulaşmak için imkânlarını sonuna kadar kullanmışlardır.

Boşnaklar tarafından 1900, 1901, 1906 Avusturya makamlarına Boşnakların dinî ve eğitim alanında özerklik taleplerini sunulmuştur. Bu dönem işgal idaresi altındaki Boşnakların tarihinde önemli bir kesittir. Boşnaklar, din ve eğitim vs konularda şikâyetlerini içeren dilekçelerin ve muhtıraların yazılabilmesi için seçkinlerin ve dinî önderlerin öncülüğünde çeşitli heyetler oluşturulmuş; bu heyetler aynı zamanda Viyana, Budapeşte ve İstanbul’a giderek meramlarını anlatmış, mücadelelerini organize bir şekilde sürdürmüşlerdir.